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结果，斯巴达的胜利并没有给雅典之前的臣属国家带来自由，因为吕山德占领了小亚细亚的许多希腊城邦，而波斯人也收复了许多城邦。斯巴达人用自己的海外帝国取代了雅典的海外帝国，在“被解放的城市”培植狭隘的寡头制政府，安插斯巴达驻军和总督，并重新向这些城邦收缴贡金。
在雅典，斯巴达人扶植了一个寡头制的傀儡政权，这些领导人的残暴很快为其获得“三十僭主”的恶名。新政权开始了恐怖统治，大肆没收财产和进行处决，起初是镇压著名的民主制领导人，然后是为了金钱而镇压富人，最后是打击温和派，甚至攻击他们内部抗议这些暴行的人。随着敌意和反抗增加，三十僭主不得不召来斯巴达军队，以保护自己免遭公民的攻击。
斯巴达人在控制了先前的雅典帝国之后，就主宰了希腊世界，到处镇压民主制政权，以寡头制的卫星国取而代之。在被外敌占领的雅典，哪怕仅仅是被怀疑同情民主制的人也会被处死。但雅典人找到了一位领袖来挑战这种局面，那就是吕库斯之子色拉西布洛斯。勇敢的色拉西布洛斯不愿意在三十僭主的统治下生活，逃到了底比斯。底比斯先前敌视雅典，但现在与斯巴达疏远了。在底比斯，流亡的雅典民主派和爱国者聚集在色拉西布洛斯周围，组建了一支小规模军队，驻扎在雅典北部边境山区的一座要塞内。三十僭主的军队企图镇压这些起义军，但都失败了；更多雅典人受到鼓舞，逃出城来，加入抵抗。最后色拉西布洛斯的实力足够强大，率军占领了比雷埃夫斯，与一支斯巴达陆军打了个平手。斯巴达人放弃了雅典，色拉西布洛斯及其部下在前403年恢复了雅典的完全民主制。
雅典又一次成为自由的民主制国家，但危险还没有消失。人们对三十僭主犯下的累累罪行义愤填膺，很多人希望追捕和惩罚这些罪人及曾与他们合作的人，这个过程会导致审判、处决和放逐。雅典会再次陷入派系斗争和内战，而正是这些毁掉了希腊许多城邦的民主制。色拉西布洛斯和其他温和派一起宣布大赦，保护了除极少数罪大恶极者之外的人。重整旗鼓的民主制雅典坚决奉行温和与克制的政策，这种行为后来赢得了亚里士多德的极大赞誉：“雅典民主派对之前灾难的反应，无论是私下里还是公开的反应，似乎都是人类历史上最美好和最符合政治家风度的行为。”他们不仅宣布和实施了大赦，甚至征集公共资金，向斯巴达人偿还了三十僭主镇压民主派时的贷款。“因为他们认为，这才是恢复和谐的办法。在其他城邦，民主派上台之后，绝不会想到要花自己的钱，而是没收和重新分配反对派的土地。”（Constitution of the Athenians 40.2—3）前403年，民主派的温和政策收到了回报：各阶级和派系之间成功地和解了，雅典民主制得以繁荣地发展下去，没有发生内战或政变，几乎一直延续到前4世纪末。
值得注意的是，雅典输掉伯罗奔尼撒战争的时候，面临灭顶之灾：雅典及其人民似乎要被消灭，民主制政体要瓦解，它再也没有能力主宰其他国家，甚至不能执行独立的外交政策。但这些事情都没有发生，或者说没有持续多久。在不到一年的时间里，雅典人就恢复了完全的民主制。不到十年的时间，他们就重建了舰队、城墙和独立地位，雅典成为一个多国联盟的核心成员，该联盟致力于阻止斯巴达干预希腊其他地区的事务。二十五年之内，雅典人就重新获得了之前许多盟邦的支持，恢复了实力，以至于我们可以称之为“第二雅典帝国”
斯巴达人当然成了希腊的主导力量，但胜利没有给他们带来安宁，反而制造了许多麻烦。战争结束几年后，他们就不得不放弃自己的帝国和贡金。大量金钱流入斯巴达，导致其传统的纪律和体制受到了损害。斯巴达人很快就不得不面对内部阴谋，这些阴谋威胁了他们的政体和生存。在国外，他们不得不打一场大规模战争，对手是他们的前盟友和前敌人组成的联盟。斯巴达人被遏制在伯罗奔尼撒半岛之内。仅仅由于波斯的干预，斯巴达才从这场战争中全身而退。在一个短时期内，斯巴达人对希腊同胞维持了一种霸权统治，但他们之所以能这么做，仅仅是因为波斯国王允许他们这么做。在打赢伯罗奔尼撒战争后不到三十年，斯巴达人便在一场大规模陆战中被底比斯人击败，他们被永久性地摧毁了。
漫长而凶残的伯罗奔尼撒战争让参战各方付出了沉重的代价。人员损失是前所未有的，在有些地方甚至是毁灭性的。米洛斯岛和斯基奥涅的全体男性居民都被消灭了，普拉蒂亚也损失了很大一部分男性公民。战争结束十年后，雅典成年男性的数量差不多是战争开始时的一半。雅典的人员损失比其他国家更严重，因为只有雅典遭到了瘟疫的打击，大约三分之一的人口死于瘟疫。但战争对土地的破坏和对贸易的干预也给其他国家带来了贫困、营养不良和疾病。雅典人毁坏了墨伽拉的农作物，在很多年里切断了它的贸易，导致墨伽拉人口锐减、陷入贫困，为了恢复城市的繁荣而不得不更加依赖奴隶劳动。前479年，科林斯人派出多达5000名重步兵去普拉蒂亚迎战波斯人。但在前394年，为了保卫自己的领土，却只能出动3000人去涅米亚，而且这肯定是他们的全部兵力。战争期间由贸易遭到扼杀而导致的贫困使很多人失去了担任重步兵所需的财富，但仅仅这一点还不足以解释如此大幅度的兵力下降。如果这个下降幅度中有一半是由于总人口的下降，那么仍然说明科林斯成年男性的数量在不到一个世纪里减少了约20%。在整个希腊世界，从西西里岛到博斯普鲁斯海峡，战争的苦难造成了相应的人口减少，无论是直接的还是间接的。
在很多地方，战争带来的经济破坏即便不会造成生命损失，其后果也是非常严重的。雅典失去海外帝国之后，就丧失了前5世纪那种庞大的公共财富，也失去了各种各样的建筑工程。遭受打击的农业也需要很多年时间来恢复。不仅墨伽拉，爱琴海诸岛也遭到了经常性的掳掠。对科林斯、墨伽拉和西锡安等地峡国家来说，商业是至关重要的，它们与爱琴海的贸易被阻断了差不多三十年，而且在这期间，它们与西方的贸易也遭受了沉重打击。在希腊的很多地方，尤其是伯罗奔尼撒半岛，贫困问题非常严重，以至于很多男子不得不以当雇佣兵为生，往往为外国军队效力。
在城邦内部，战争的危险与苦难使原本就存在的派系斗争愈发激化。修昔底德、色诺芬、狄奥多罗斯和普鲁塔克都写道，内战司空见惯，随着各地民主派和寡头派之间血雨腥风地厮杀，内战的恐怖也逐渐变成家常便饭。战争一天天打下去，愤怒、挫折和复仇的渴望越来越强烈，导致战争暴行越来越普遍和严重，而在这场战争之前，类似的战争暴行是极其罕见的，甚至闻所未闻。
