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关于伯罗奔尼撒战争的主要史料是奥洛鲁斯之子修昔底德撰写的史书。他是雅典人，生于约前460年，可能一直活到约前397年。虽然他是贵族出身，却非常仰慕雅典民主派的领导人伯里克利。修昔底德于前424年当选为将军，这一年是克里昂和较激进的民主派掌权。修昔底德奉命指挥驻扎在色雷斯的安菲波利斯附近的舰队。安菲波利斯被斯巴达人占领之后，修昔底德被认为是责任人，遭到审判、定罪和流放，在战争的余下二十年里一直过着流亡生活。
修昔底德的著作很快赢得了世人的敬仰。两千多年来，他对细节的一丝不苟和客观公正赢得了人们最深切的尊重。他认为尽可能准确地记载事实，对他实现自己的目标是至关重要的。他的目标是理解和阐明人性的运作方式，尤其是在政治、国际关系和战争领域。但他的阐释和任何史学家（尤其是深深介入他所记载事件的史学家）的阐释一样，需要我们做一番认真的检查和评估。
有三份文献可以补充修昔底德的著作，其中两份是在战争期间写下的。《雅典政制》（Athenaion Politeia）一般被归入色诺芬的作品之中，不过学者们现在认为这不可能是他写的。这部作品的写作时间可能是前5世纪20年代，它的不知名作者有时被称为“老寡头派”，尽管我们不知道他在写作此书时的年龄。他对寡头统治的同情是毋庸置疑的。这本小册子做了一番务实的分析，主张雅典民主制虽然不道德，但是有效。另一部《雅典政制》（Constitution of Athenians）创作于前4世纪末，作者是亚里士多德或其学派的某个人。这部作品简要叙述了从上古到作者时代（约前330年）雅典政治的发展历程。它对伯罗奔尼撒战争最后阶段的记载特別重要，尤其是前411年的寡头派革命。1906年，在埃及的俄克喜林库斯发现了一部写在纸莎草纸上的《希腊史》。它的大部分是对前396〜前395年事件的叙述，水平很高，很有洞察力；此外，它也记述了战争末期底比斯人对阿提卡的破坏。这部书似乎是续写了修昔底德的著作，具有重大意义，可能是后世史学家，如狄奥多罗斯和普鲁塔克的史料来源。
修昔底德的叙述到前411年秋季就戛然而止了，这离战争结束还有大约六年半时间。古代作家认为他的著作是关于那个时期历史的权威，因此有三位史学家从他停止的时期开始，将伯罗奔尼撒战争史续写下去。克里提普斯是一个生活在同时代的雅典人，他将希腊世界的历史写到了前394年。希俄斯岛的塞奥彭普斯生于约前378年，也写了一部类似的史书。但这两位的作品都没有保存至今，我们只能从后世史料片段化的引用中知道他们作品的存在。格律鲁斯之子色诺芬生于约前428年，是修昔底德的同时代人，不过比他年轻。色诺芬也写了一部《希腊史》，把希腊历史一直写到前362年。这部作品被保存至今。色诺芬是苏格拉底圈子中的一员，非常亲斯巴达，曾在强大的斯巴达国王阿格西莱二世麾下效力。他的作品虽然缺乏修昔底德的分析力，却是战争最后几年事件的主要记载。
两位晚近得多的作家提供了额外的信息，这些信息的可靠性和价值不一。西西里岛的狄奥多罗斯是尤利乌斯·恺撒和奥古斯都的同时代人，他在前1世纪，也就是伯罗奔尼撒战争结束后约四个世纪，写了一部通史。他的著作的可靠性取决于他采用的史料。他参考了修昔底德的著作和其他一些现已遗失的作品。其中最重要的史料来源似乎是库麦的埃福罗斯，他属于伯罗奔尼撒战争之后的那一代人，可能与许多战争亲历者交谈过。另外，埃福罗斯似乎使用了俄克喜林库斯史书的一些段落（现已遗失），而后者的可靠性往往高于色诺芬。因此，我们必须重视狄奥多罗斯的作品，尤其是对修昔底德著作中未涉及的那些年的历史记载。
最后是喀罗尼亚的普鲁塔克，他大约生活在公元50〜120年，距离他所记述的那些事件更遥远。他的《希腊罗马名人传》不是历史著作，而是传记，其宗旨是从往昔伟人的生活中汲取教训。这让很多人否决其著述的可靠性，但我们如果这么做，就有很大风险。他拥有一座藏书极其丰富的图书馆，包括很多如今我们已经读不到的书籍。他引用和提及了前5世纪的一些喜剧诗人（其作品现已遗失）、修昔底德的同时代史学家“叙拉古的菲利斯托斯”和“莱斯博斯岛的赫拉尼库斯”的史书，以及续写修昔底德著作的埃福罗斯和塞奥彭普斯。普鲁塔克还引用了前5世纪的碑铭，描述了他亲眼看见的建筑、绘画和雕塑。下面这句话选自他的《尼基阿斯传》（1.5），能让我们领略一番能在他作品中找寻到的瑰宝：“修昔底德和菲利斯托斯记载的那些事迹……我对其做了简要概述，剔除了非必需的细节，以便逃避懒散粗心的指责；但那些被大多数作家遗漏的细节，以及其他一些作家漫不经心地提及的细节，或者那些出现在古代祭品或公共法令中的细节，我都努力收集起来，不是将无用的研究材料堆积起来，而是提供有助于读者理解人物性格与秉性的资料。”在努力达成这些目标的过程中，他为我们提供了珍贵而可靠的信息，我们绝不能忽视。
在过去两个世纪里，人们发现了一些与伯罗奔尼撒战争同时代的珍贵证据，主要是石刻碑铭。希腊碑铭研究在发现、复原和编辑重要史料方面，取得了长足进步。或许最重要的成就是，复原和阐释了雅典人从前454年到帝国覆灭期间对各附庸国征收年贡评估资料的铭文。由此产生的伟大作品The Athenian Tribute Lists（4 volumes，I，Cambridge，Mass.，II-IV，Princeton）于1939〜1953年出版，作者是B.D.Meritt，H.T.Wade-Gery和M.F.McGregor。除此之外，与伯罗奔尼撒战争最相关的碑铭被收集在这部著作中：A Selection of Greek Inscriptions to the End of the Fifth Century B.C（by R.Meiggs and D.M.Lewis，revised edition，Oxford，1992）。许多铭文的英语译文以及一些不是那么容易找到的古代史料，载于Charles Fornara Archaic Times to the End of the Peloponnesian War（second edition，Cambridge，1983）。
